               SEQUENCE LISTING

<110> MICROBION S.R.L.

<120> HIGHLY POLYMORPHIC AND MODULAR EXTRAGENIC (H.P.M.E.) MARKERS WITHIN SPECIFIC TAXA OF MICROORGANISMS AND USE THEREOF FOR THEIR DIFFERENTIATION, IDENTIFICATION AND QUANTIFICATION

<130> 13819PTWO

<160> 26

<170> BiSSAP 1.3

<210> 1
<211> 1087
<212> DNA
<213> Oenococcus alcolitolerans

<400> 1
tgatcgatct cgtcgtgagc ggccaaaatc tgcgtaagga tcctttctgt gtacttttcg      60

aggatcttac cggctttcgt caattgaacg cggccatgcg aatgattcct ggtaactaat     120

tcttgtttaa attctttttc caatcgctgg atggcataag aaatagttgg ttggctgaca     180

ttgaaaaaag ctgccgtttg tgaaaacgac tccactttgg ccaggcgctg aaaatactct     240

aaatcagtga atttcatata aatttatttt atctcttttg cagcttttga ctatatcagc     300

tgcgataaaa tatcctgaat ctgtttgttt attaggagag agaaatgaca gatccagtag     360

atattttaaa cgatcccttt aaaaacaaag gaaccgcttt tactcaagaa gaacgcaaag     420

cactgggctt gcagggactt ttgccctcat gtgtgcaaac tattgatcag caagctgcac     480

aagcctatgc tcaatttcaa agcaaagctg ataatctaga aaaaagactt ttcttgatgg     540

aacttttcaa caccaaccac gtgctgttct ataagctttt ttcacaacac gtcgttgaat     600

tcatgccgat cgtctatgat ccgactatcg ctgatacgat tgaaaattat tctgaacttt     660

tcgttgaaac acagggagct gcttttttgg atatccagca tccagaaaac atcgaagcca     720

gtttgaaaaa tgccgctgac ggtcgtgaca taaaattgat cgtcgtcact gatgctgagg     780

gcattttagg tatcggcgac tggggtgttc aaggggtcga tatcgccgtt ggaaaattga     840

tggtctacac cgtggctgca ggacttgatc caaagagtgt cttgccggtc gtgatcgatg     900

ccggaaccaa taatcaaaaa cttttaaacg atcctttgta tttaggaaac cgttttaacc     960

gtgttcgcgg tcaagcttat gatgatttta tcgatacttt tgttgaaaaa tcggaaaatc    1020

tttttccaga tatgtatttg cattgggaag actttgggcg tttgaatgcc gcaaatattt    1080

gaataga                                                              1087


<210> 2
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 2
ccatacagag ccgccctcaa cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgggcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctaattgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaara aggctgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattac     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacgtttgac tataaaattt tcagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggaaaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 3
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 3
ccatacagag ccgccctcaa cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgggcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctaattgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggctgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattac     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacgtttgac tataaaattt tcagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggaaaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 4
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 4
ccatacagag ccgccctcga cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgtgcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctagttgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggttgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatatt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattgc     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacatttgac tataaaattt ccagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggaaaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 5
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 5
ccatacagag ccgccctcaa cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgggcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctaattgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggctgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattac     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacgtttgac tataaaattt tcagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggagaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 6
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 6
ccatacagag ccaccctcaa ccgtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgtgcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctagttgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggttgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattgc     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacatttgac tataaaattt ccagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggaaaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 7
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 7
ccatacagag ccgccctcaa cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgggcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctaattgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

tcggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggctgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattac     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacgtttgac tataaaattt tcagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggaaaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 8
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 8
ccatacagag ccaccctcaa ccgtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgtgcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctagttgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggttgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattgc     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacatttgac tataaaattt ccagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggagaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacacgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 9
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 9
ccatacagag ccgccctcaa cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aatagttttc gataattggt ggcaacccca gcgtggtttg     120

gcgagcagct aaatgggcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactaa ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctaattgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggctgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctaattgc     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacatttgac tataaaattt ccagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac gcaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgctca ataccaaagc aagccaagtg acctggagaa gcggattttc     720

ttaatgaatc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacatgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 10
<211> 788
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 10
ccatacagag ccgccctcaa cagtttgcag tccttccagc agattctcag cctgcaatcg      60

tgcggcaatt cgtggaaaat aataattttc gataattggt ggcaacccca gcgttgtttg     120

gcgagcagct aaatgggcta gttcttggtg ggctagcgtt aattcactga ggacgacttg     180

ggcgtgaatg gctaattgct caccgctcgg ggtaatttga atatcattgt gtacccgatc     240

ccggatgact aatttggttt caaattcggt ctctaatcgt ttgatagccg tggtgatcgt     300

gggctgagtc acaccgaaga aggctgctac cttagaaaaa tttttttgta gaataagctg     360

ctggaaataa tccaaatctt ttgtattcat attttctcct gtcaaatcaa ggctgattgc     420

tacattataa aataatttta taacaatcgc tacatttgac tataaaattt ccagggcgtt     480

atagtgcaat atgtaaataa gagctatcca aattggagga aaatcatgat gacgcaaaca     540

gcagatacga ttttaaataa ccccttctta aataaaggaa ccgcgttcac acaagcagaa     600

cggcgggaac ttggcttggt tgggacattg ccagcccaag ttcaaacgat tgatgaacaa     660

gccactcagg cctatgccca ataccaaagc aagccaagtg acctggagaa gcggattttc     720

ttaatgaacc tctttaacga aaaccggaca ttattcttcc atttaatgga tgaacatgtg     780

gttgaatt                                                              788


<210> 11
<211> 787
<212> DNA
<213> Lactobacillus brevis

<400> 11
catacagagc cgccctcaac agtttgcagt ccttccagca gattctcagc ctgcaatcgt      60

gcggcaattc gtggaaaata ataattttcg ataattggtg gcaaccccag cgtggtttgg     120

cgagcagcta aatgggctag ttcttggtgg gctagcgtta attcactgag gacgacttgg     180

gcgtgaatgg ctaattgctc accgctcggg gtaatttgaa tatcattgtg tacccgatct     240

cggatgacta atttggtttc aaattcggtc tctaatcgtt tgatagccgt ggtgatcgtg     300

ggctgagtca caccgaagaa ggctgctacc ttagaaaaat ttttttgtag aataagctgc     360

tggaaataat ccaaatcttt tgtattcata ttttctcctg tcaaatcaag gctgattact     420

acattataaa ataattttat aacaatcgct acgtttgact ataaaatttt cagggcgtta     480

tagtgcaata tgtaaataag agctatccaa attggaggaa aatcatgatg acgcaaacag     540

cagatacgat tttaaataac cccttcttaa ataaaggaac cgcgttcaca caagcagaac     600

ggcgggaact tggcttggtt gggacattgc cagcccaagt tcaaacgatt gatgaacaag     660

ccactcaggc ctatgcccaa taccaaagca agccaagtga cctggaaaag cggattttct     720

taatgaatct ctttaacgaa aaccggacat tattcttcca tttaatggat gaacacgtgg     780

ttgaatt                                                               787


<210> 12
<211> 26
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..26
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 12
aaataataat taccaatgat ttgcgg                                         26


<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..13
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 13
ataccagttc cctgaatatc atc                                            23


<210> 14
<211> 26
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..26
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 14
aartaawaat twccratdat ytgcgg                                         26


<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..23
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 15
atwccdgtdc cytgratatc atc                                            23


<210> 16
<211> 24
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..24
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 16
gtcggttggc tgacattgaa aaaa                                           24


<210> 17
<211> 26
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..26
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 17
tttaaaatac ctactggatc tgtcat                                         26


<210> 18
<211> 25
<212> DNA
<213> Oenococcus oeni

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..25
<223> /note="primer Oenococcus"

<400> 18
cratyggcat raattcaacm acrtg                                          25


<210> 19
<211> 23
<212> DNA
<213> Lactobacillus

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..23
<223> /note="primer Lactobacillus"

<400> 19
tcccaygcaa tktcytgytk sgc                                            23


<210> 20
<211> 23
<212> DNA
<213> Lactobacillus

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..23
<223> /note="primer Lactobacillus"

<220> 
<221> variation
<222> 3
<223> /replace="any base"

<220> 
<221> variation
<222> 6
<223> /replace="any base"

<220> 
<221> variation
<222> 9
<223> /replace="any base"

<220> 
<221> variation
<222> 12
<223> /replace="any base"

<220> 
<221> variation
<222> 21
<223> /replace="any base"

<400> 20
gcngtnccnt tntttaaaaa ngg                                            23


<210> 21
<211> 23
<212> DNA
<213> Lactobacillus

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..23
<223> /note="primer Lactobacillus"

<400> 21
tcataaacga ttggcataaa ttc                                            23


<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> Lactobacillus

<220> 
<221> primer_bind
<222> 1..22
<223> /note="primer Lactobacillus"

<400> 22
cgrtcaaatt cttcrgcaat ca                                             22


<210> 23
<211> 11
<212> DNA
<213> Bifidobacterium

<220> 
<221> misc_feature
<222> 1..11
<223> /note="11-mer"

<400> 23
aacacgccaa a                                                         11


<210> 24
<211> 15
<212> DNA
<213> Bifidobacterium

<220> 
<221> misc_feature
<222> 1..15
<223> /note="15-mer"

<400> 24
attggaagga aagta                                                     15


<210> 25
<211> 10
<212> DNA
<213> Bifidobacterium

<400> 25
gagtgctaat                                                           10


<210> 26
<211> 15
<212> DNA
<213> Bifidobacterium

<400> 26
attgtattag cactc                                                     15


